博士研究生，2013至2018年
，毕业论文题目《构建植物染色质状态数据库并研究黑暗胁迫下表观调控机制》；目前在青岛大学工作
宋倩：博士研究生，2014至2018年
，毕业论文题目《基于多维组学数据分析挖掘并验证拟南芥PHO1;H10基因功能》
；目前在北京工作
田甜：博士研究生，2014至2019年
，毕业论文题目《构建玉米多维组学数据整合分析平台并挖掘重要基因功能模块》；目前在中国农业大学做博士后
闫恒宇：博士研究生，2014至2019年
，毕业论文题目《基于多组学数据分析探索AtSPX1及其相关蛋白影响拟南芥叶片衰老的分子机制》；目前在青岛农业大学工作
杨教童：博士研究生，2014至2019年
，毕业论文题目《植物EAR基序蛋白功能分析平台构建与应用》；目前在贵州中医药大学工作
崔志创：硕士研究生，2017至2019年
，毕业论文题目《人参、三七胡萝卜的组学数据整合与共表达网络构建》
佘加杰：博士研究生，2015至2020年
，毕业论文题目《基于多维组学数据整合构建番茄和长春花全基因组注释体系》；目前在深圳工作
赵楠楠：博士研究生，2015至2020年
，毕业论文题目《HDA710/OsHDAC2调控水稻叶片衰老和分生分化的功能预测及实验验证》；目前在天津工作
达玲玲：博士研究生，2015至2020年
，毕业论文题目《构建蔷薇科植物苹果的多维组学数据整合分析平台》；目前在兰州工作
马雪莲：博士研究生，2016至2021年
，毕业论文题目《基于组学数据提高毛竹全基因组精细注释及构建PlantGSEAv2平台》；目前在
深圳湾实验室做博士后
赵庆伟：硕士研究生 (合作指导)，2005至2007年，毕业论文题目《基因芯片数据的三维数据分析模型探讨》
张祖勇：硕士研究生，2006至2007年来实验室交流学习
郭华军：硕士研究生 (合作指导)，2006至2009年，毕业论文题目《拟南芥转录因子GRAS家族SCL15基因对干旱胁迫的响应分析》
周少霞：研究助理，2005至2006年
；目前在南京农业大学工作
黎江：程序员，2005年；目前在广西工作
刘岚：研究助理，2006至2008年
郑雪：研究助理，2006至2008年
王玲：研究助理，2009至2010年；目前在成都工作
谭远军：研究助理，2009至2010年；目前在杭州工作
解超：本科生毕业设计，2004至2005年，毕业论文题目《拟南芥激酶基因序列筛选》；目前
已从北京大学获得博士学位，在中国交通通信信息中心工作
付彪：本科生URP训练
胡淼：本科生毕业设计，2005至2006年
李黎：本科生毕业设计，2005至2006年，构建“泛素化相关基因数据库”；目前在华大基因欧洲中心工作
王川：本科生毕业设计，2006至2007年，毕业论文题目《水稻过氧化物酶(peroxidase)数据库建设》；目前在美国做博士后
王斌：本科生毕业设计，2006至2007年
易泽轩：本科生URP训练
朱莹婷： 本科生URP训练
李晓：本科生URP训练；目前在美国the Broad Institute of MIT and Harvard工作
张妍：本科生URP训练
张臣：2009年北京市大学生科学研究与创业行动计划《时间序列模型在昼夜节律分析中的应用与研究》
徐玄昊：2010年生物学院本科生创新基金《植物分泌蛋白数据库的完善》
杨周拓：2010年国家大学生创新性实验计划《昼夜节律生物芯片数据分析平台的开发与应用》
朱鑫：2010年国家大学生创新性实验计划《昼夜节律生物芯片数据分析平台的开发与应用》
宋孟哲 (James Song)：2018年中学生暑期实习《鸟类生物信息学目录》，时为河南省实验中学高二学生